No tiene grandes ríos en su superficie, por lo que el agua potable se extrae de corrientes subterráneas.
Existen en la isla algunos cursos de agua que cuentan con agua dulce durante todo el año, como por ejemplo Baħrija, l-Intaħleb y San Martin.
En Gozo se puede encontrar agua corriente en el valle de Lunzjata.La costa es rocosa y alta, alternando acantilados, bahías y calas, sobre todo en la isla de Malta. Este tipo de costa recortada ha hecho durante siglos a Malta un lugar idóneo par el refugio de navegantes y refuerza su valor estratégico.
Asi mismo, existen gran cantidad de playas de arena fina, destacando en este sentido la isla de Gozo.
Además de las cinco islas principales del archipiélago, cabe mencionar otras que no tienen habitantes permanentes:
También hay unos Peñones denominados "Rocas":
Roca Fungus (en maltés Il-Ġebla tal-Ġeneral),
Rocas de la (de la Gran y de la Pequeña) Laguna Azul,
Roca Sala